Powierzchnia terenu gminy jest dość zróżnicowana, falista i pagórkowata o nachyleniu w kierunku północno-zachodnim. Rożnica pomiędzy najwyżej położonymi partiami terenu na południe od wsi Widryny (Śpiglówka 203,2 m npm) a obszarem najniżej położonym - doliną Sajny w zachodniej części gminy wynosi 143,9 m.

Dominującą na obszarze gminy jednostką morfogenetyczną jest wysoczyzna moreny dennej, zbudowana głównie z gliny zwałowej. Strefa czołowo-morenowa, charakteryzująca się dużą zmiennością osadów podłoża występuje w południowej części terenu gminy - na południe od Jeziora Legińskiego, Widryńskiego i Pasterzewo oraz w jej północnej części.

Obszar gminy położony jest na prekambryjskiej platformie wschodnioeuropejskiej, na pograniczu jej części określanych jako wyniesienie mazursko-suwalskie i synekliza perybałtycka. Prekambryjskie podłoże krystaliczne nadbudowane jest osadowymi skałami ery paleozoicznej, mezozoicznej i kenozoicznej o grubości 1,5 - 2 km. Utwory budujące przypowierzchniową warstwę reprezentowane są przez osady czwartorzędowe. Są to głównie plejstoceńskie naprzemianległe warstwy osadów gliniastych kolejnych zlodowaceń oraz osadów piaszczysto - żwirowych, tworzących się w okresach interglacjalnych.

Gmina znajduje się w dorzeczu rzeki Guber, dopływie Łyny. Główne strugi odwadniające teren to rzeki Dajna i Sajna.

Dajna ma 55 km długości a jej zlewnia zajmuje powierznię 345,2 km2. Płynie przez obszar powiatu mrągowskiego (Piecki i Mrągowo) i kętrzyńskiego (gminy Reszel i Kętrzyn). Początek rzeki stanowi ciek uchodzący do jeziora Wągiel. Dajna przepływa przez jeziora: Wągiel, Wierzbowskie, Czos, Czarne, Kot, Juno, Kiersztanowskie i Dejnowa, leżące na obszarze tzw. Rynny Mrągowskiej. Po wypływie z jeziora Dejnowa rzeka zmienia kierunek na północno-wschodni i w okolicach Biedaszek wpada do Gubra.

Wśród utworów powierzchniowych na obszarze zlewni Dajny dominują gliny zwałowe, piaski, miejscami z domieszką żwirów. W północnej części zlewni występują piaski, iły i mułki zastoiskowe oraz piaski fluwioglacjalne. Na takim podłożu wytworzyły się gleby płowe, brunatne właściwe i wyługowane, a w dolinach rzek kompleksy gleb hydromorficznych. W zlewni rzeki Dajny powstało wiele drobnych cieków, jezior oraz małych zagłębień bezodpływowych.

Sajna podobnie jak Dajna jest lewobrzeżnym doływem Gubra, o długości 50,6 km i powierzchni zlewni 500,6 km2. To właśnie nad Sajną położony jest Reszel. Rzeka wypływa w pobliżu kolonii Widryny, u ponóża wzniesień morenowych. Jej głównym dopływem jest Ryn. Zlewnia Sajny znajduje się w granicach dwóch mezoregionów - Pojezierza Mazurskiego i Niziny Sępopolskiej. Obszar zlewni rzeki pokrywają głównie gliny zwałowe i zwietrzelinowe, piaski gliniaste, piaski i żwiry oraz iły.

Na takim podłożu wytworzyły się gleby brunatne właściwe i wyługowane oraz czarne i szare ziemie charakteryzujące się małą przepuszczalnością. Na terenie całej zlewni powstały liczne zagłębienia bezodpływowe, często wypełnione wodą. Zlewnia Sajny ma charakter typowo rolniczy. W strukturze użytkowania terenu dominują grunty orne, łąki i pastwiska. Lasy zajmują stosunkowo małą powierzchnię.